Научная деятельность преподавателей, аспирантов и научных сотрудников факультета направлена на решение отраслевых проблем региона. В частности, на факультете функционирует ООО «Алтайзернопроект», которое занимается проектированием и реконструкцией предприятий перерабатывающей промышленности. При этом ведется исследовательская работа по созданию пневмотранспортных установок, внедряемых на этих предприятиях. Кроме того, ведутся активные работы в области совершенствования технологии оборудования мукомольного производства.
При факультете работает также испытательный центр продуктов питания, производящий анализы продукции, подлежащей сертификации.
Второе направление НИР связано с мониторингом окружающей среды, анализом атмосферных выбросов в регионах края. За эту работу коллектив исследований дважды удостоен краевой премии в области наук.
