Жизнедеятельность АПИ, как и других вузов страны, во второй половине 80-х годов осуществлялась в совершенно иных, чем прежде, условиях.
В стране произошли глобальные политические социально-экономические перемены, начался процесс формирования общества и государства, основанного на рыночной экономике. В новой обстановке перестраивались все звенья деятельности вуза, его подразделений.
В 1987−1988 учебный год институт встретил с новым руководителем. Ректором АПИ был избран профессор, доктор физико-математических наук Владимир Васильевич Евстигнеев , выпускник Томского политехнического института. Владимир Васильевич не только смог сохранить наработанный потенциал и лучшие традиции АПИ, но и придать институту мощный импульс развития, вывести его на современный уровень лучших технических вузов России. Именно с его именем связано повышение статуса Алтайского вуза и преобразование его в Алтайский государственный технический университет в 1992 году.
Указом Президиума Верховного Совета Российской Федерации № 2317 — 1 от 10 февраля 1992 г. за большой вклад в дело подготовки высококвалифицированных специалистов — инженеров ведущих отраслей народного хозяйства, науки и техники и в связи с 50 — летием образования Алтайский политехнический институт им. И.И. Ползунова награжден Почетной Грамотой Президиума Верховного Совета Российской Федерации.
24 декабря 1992 г. приказом Министра науки, высшей школы и технической политики Российской Федерации Алтайский политехнический институт им. И.И. Ползунова преобразован в Алтайский государственный технический университет им. И.И. Ползунова.
90-е годы — время важнейших решений, направленных на структурно-системную реорганизацию и совершенствование деятельности вуза в учебно-методической, научной, социально-культурной и воспитательной сферах.
Последовательно были разработаны и внедрены Целевая программа преобразования института в технический университет (1991−1995 гг.), Комплексная программа развития АлтГТУ на 1997−2002 годы.
В рамках этих программ была проведена огромная созидательная работа. Прежде всего, в университет сформировалась многоуровневая структура высшего образования, началась подготовка по новым образовательным профессиональным программам инженерно-экономического и гуманитарного направлений, обновилось содержание образования в соответствии с требованиями государственных образовательных стандартов, улучшилась фундаментальная и гуманитарная подготовка специалистов.
Существенно расширились связи учебного процесса с наукой и производством, развиваются все виды целевой подготовки по заказам предприятий и организаций, растет число студентов, обучающихся на контрактной основе.
Произошла перестройка структуры научных исследований на основе приоритетного развития фундаментальных, межотраслевых научно-исследовательских работ.
Осуществляется переход на качественно новые формы и методы подготовки научно-педагогический кадров, интеграция подготовки специалистов, а также внедрение научных исследований в мировое научно-техническое пространство.
За десять лет в вузе было открыто 40 новых специальностей и направлений.
