1987−1988 учебный год институт встретил с новым руководителем. Ректором АПИ был избран профессор, доктор физико-математических наук В.В. Евстигнеев, выпускник Томского политехнического института. Уже в первые годы своей работы на Алтае, совпавшие со сложными и неоднозначными переменами в сфере образования, Владимир Васильевич проявил себя как недюжинный организатор и крупный учёный, сумевший сохранить не только наработанный потенциал и лучшие традиции алтайских политехников, но и придать вузу новый мощный импульс развития, вывести его на современный уровень лучших технических вузов России. С его именем связано повышение статуса алтайского вуза и преобразование его в декабре 1992 года в Алтайский государственный технический университет им. И.И. Ползунова.
Первые 10 лет университета − это важный и решающий этап в структурно-системной реорганизации и совершенствовании деятельности вуза в учебно-методической, научной, социально-культурной и воспитательной сферах. Последовательно были разработаны и внедрены Целевая программа преобразования института в технический университет (1991−1995 гг.) и Комплексная программа развития АлтГТУ на 1997−2002 гг. В рамках этих программ была проделана огромная созидательная работа. Прежде всего, в университете сформировалась многоуровневая структура высшего образования, началась подготовка по новым образовательным профессиональным программам инженерно-экономического и гуманитарного направлений, обновилось содержание образования в соответствии с требованиями государственных образовательных стандартов, улучшилась фундаментальная и гуманитарная подготовка специалистов. Нашли применение новые технологии обучения, позволяющие полнее раскрыть индивидуальные способности студентов. Были изучены потребности других регионов Сибири и России в специалистах, и на этой основе определена структура приема в вуз, включая оптимальный численный состав.
Существенно расширились и укрепились связи учебного процесса с наукой и производством, развиваются все виды целевой подготовки по заказам организаций и предприятий, растет число студентов, обучающихся на контрактной компенсационной основе. Произошла перестройка структуры научных исследований на основе приоритетного развития фундаментальных, межотраслевых научно-исследовательских работ. На новом, более высоком уровне, стало проходить участие ученых университета в международных, федеральных и региональных научных программах. Осуществляется переход на качественно новые формы и методы подготовки научно-педагогических кадров, интеграция подготовки специалистов, а также внедрение научных исследований в мировое научно-техническое пространство. Динамично развивалась структура профессионального образования: за 10 лет в вузе было открыто 40 новых специальностей и направлений. В 2001−2002 учебном году подготовка специалистов в головном вузе осуществлялась по 13 направлениям и 46 специальностям.
В соответствии с качественно иными масштабами деятельности университета трансформировались его система управления и инфраструктура. Образовано 5 новых управлений: дополнительного образования; инновационной деятельности; экономики, правового обеспечения и международного сотрудничества; информатизации; по учебно-воспитательной работе и связям с общественностью. Созданы новые факультеты: гуманитарный; инженерно-экономический, социально-культурного сервиса и туризма; иностранных студентов; военного обучения.
Блок структурных подразделений послевузовского и дополнительного образования составляют отдел докторантуры и аспирантуры; Региональный центр повышения квалификации и переподготовки (РЦПК), в который входят факультет повышения квалификации преподавателей и сотрудников (ФПКП), факультет руководящих работников и специй (ФРРиС), высшие экологические курсы, Центр предлицензионной подготовки в области строительства и коммунального хозяйства (ЦИПС), филиалы в Бийске и Рубцовске.
Базовыми структурными подразделениями научного управления АлтГТУ являются 4 научно-исследовательских института: НИИ информационных технологий и телекоммуникаций; НИИ горного природопользования; НИИ вакуумных технологий; НИИ проблем промышленного развития и 19 научных центров: Алтайский региональный научно-инновационный энергосбережения, Алтайский научный центр порошковых технологий, Центр по диагностике оснований и фундаментов, Центр медицинской электроники, метрологии и стандартизации, Экологический центр, Научно-технический центр «Композит», Центр «Стройматериалы», Геоинформационный центр, Центр «Динамика и прочность», Научно-технический центр «Аквабиокорм», Алтайский краевой центр новых информационных технологий, Испытательный центр пищевых продуктов и сырья (ППиС) Алтайский региональный центр электропожаробезопасности, Центр новых материалов, Ползуновский научный центр, Алтайский научно-технологический парк «Алтайский технопарк» Центр оптикоэлектронных систем. На базе университета функционируют Сибирское отделение Академии инженерных наук РФ, Алтайское отделение Международной академии информатизации, Алтайский научный центр Сибирского отделения Академии наук высшей школы.
Международное сотрудничество университета с научно-образовательными учебными заведениями США, Германии, Великобритании, Франции, Китая и других стран координируются функционирующим в вузе Региональным центром международного сотрудничества Западной Сибири, Международной кафедрой ЮНЕСКО «Экологическое образование в Сибири» и факультетом иностранных студентов. В 2000 г. начал работу Департамент мирного Всемирного технологического университета.
Для обеспечения образовательной и научно-производственной деятельности университет располагает достаточной материальной базой и инфраструктурой подразделений культурного и социально-бытового назначения. В их числе научная библиотека; издательство, управление информатизации, обеспечивающее доступ в глобальные телекоммуникационные сети; дисплейные классы на 750 рабочих мест; студгородок с 6-ю общежитиями; крытые спортивные сооружения общей площадью 8500 кв. метров; санаторий-профилакторий «Юность», студенческий клуб, Центр культуры.
